教育经历

东京大学, 生物信息学, 博士

山东大学, 计算机应用技术, 硕士

工作经历

2022-03至今，海南大学，计算机科学与技术学院，副教授

2020-04至2022-03，电子科技大学，基础与前沿研究院，博士后

研究方向

人工智能、计算生物学、生物信息学（偏计算方向）

主要研究工作集中在开发和利用人工智能方法对于生物学、医学、药学中的多个交叉前沿和热点问题进行探索

基本介绍

崔菲菲，博士，海南大学副教授，博/硕士生导师，海南省D类高层次人才。主要研究领域为人工智能、生物信息学，研究内容包括但不限于机器学习/深度学习、生物序列分类、基于人工智能的药物发现及多组学数据整合的疾病相关预测等。

主持国家级自然科学基金两项、海南省重点研发项目一项以及科技成果转化项目三项（累计转化金额300万元）；中国博士后科学基金面上项目一项、四川省自然科学基金项目一项及博士后国际交流计划引进项目一项（已结题）。以第一作者或通讯作者在Nano Letters、BMC Biology、Research、PLoS Computational Biology、Bioinformatics、Briefings in Bioinformatics、International Journal of Biological Macromolecules等高水平生物信息学SCI期刊或会议发表论文几十篇。

受邀在生物信息学领域专业期刊Current Bioinformatics、BMC Bioinformatics担任Editorial Board Member，担任BMC Bioinformatics、Electronics等SCI期刊客座编辑，多个SCI期刊审稿人。中国计算机学会(CCF)生物信息学专业委员会委员，中国人工智能学会(CAAI)生物信息学与人工生命专业委员会，中国国家自然科学基金委(NSFC)函评专家，吴文俊人工智能科学技术奖评审专家，机器学习与自然语言处理国际会议（MLNLP 2023）Organizing Committee Chair。

指导本科生发表第一作者SCI或CCF论文：

1. Yunyun Su, Xiuhao Fu, Leyi Wei, Zilong Zhang*, Quan Zou*, Feifei Cui*. PROTCROWN: A manually curated resource of protein corona data for unlocking the potential of protein-nanoparticle Interactions. Nano Letters. 2025. https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.4c05955. (中科院大类一区，影响因子9.6，自然指数期刊、TOP期刊, 苏云云同学为2019级本科生，已保研进本课题组)

2. Yunyun Su, Shiyu Yan, Chen Cao, Feifei Cui, Quan Zou*, Zilong Zhang*. Human-Spa: An Online Platform Based on Spatial Transcriptome Data for Diseases of Human Systems. In: 2023 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM); 2023. pp. 293-298. (CCF-B会议，苏云云同学为2019级本科生，已保研进本课题组)

3. Yazi Li, Xiaoman Wei, Qinglin Yang, An Xiong, Xingfeng Li, Quan Zou, Feifei Cui*, Zilong Zhang*. msBERT-Promoter: a multi-scale ensemble predictor based on BERT pre-trained model for the two-stage prediction of DNA promoters and their strengths. BMC Biology 2024; 22(1):126. (中科院大类一区，TOP期刊，李亚子同学为2021级本科生，应用数学专业)

4. Cuilin Xiao, Zheyu Zhou, Jiayi She, Jinfen Yin, Feifei Cui, Zilong Zhang*. PEL-PVP: Application of plant vacuolar protein discriminator based on PEFT ESM-2 and bilayer LSTM in an unbalanced dataset. International Journal of Biological Macromolecules 2024; 277:134317. (中科院大类一区，影响因子7.7, TOP期刊, 肖萃林同学为2022级本科生，软件工程专业)

5. Zheyu Zhou, Cuilin Xiao, Jinfen Yin, Hao Duan, Chunling Liu, Feifei Cui, Zilong Zhang*. PSAC-6mA: 6mA Site Identifier Using Self-Attention Capsule Network based on Sequence-Positioning. Computers in Biology and Medicine. (中科院小类一区，TOP期刊，周喆誉同学为2022级本科生，软件工程专业)

6. Jingwei Lv, Aoyun Geng, Zhuoyu Pan, Leyi Wei, Quan Zou, Zilong Zhang, and Feifei Cui*. iBitter-GRE: A Novel Stacked Bitter Peptide Predictor with ESM-2 and Multi-View Features. Journal of Molecular Biology, 2025: p. 169005.

(中科院大类二区，吕经纬同学为2022级本科生，软件工程专业)

7. Ziyi Wang, Aoyun Geng, Hao Duan, Feifei Cui, Quan Zou*, Zilong Zhang*. A Comprehensive Review of Approaches for Spatial Domain Recognition of Spatial Transcriptomes. Briefings in Functional Genomics. (已接收，王梓懿同学为2021级本科生，软件工程专业)

8. Haoye Qiu, Donglai Wang, Xiaoyang Liu, Feifei Cui, Zilong Zhang*. FCLNCM: Feature-Weight and Cluster-Weight Learning in Neutrosophic c-Means Clustering for Biomedical Applications. (审稿中，裘昊晔同学为2021级本科生，软件工程专业)

指导学生科研项目
基于癌症基因表达数据的自适应加权中智C-均值聚类算法研究（本科生大创项目，项目负责人：裘昊晔，2021级本科生）

基于Diffusion的高穿膜性环肽定向生成模型（本科生大创项目，项目负责人：周喆誉，2022级本科生）

基于生物序列和深度学习的药物相互作用预测研究（研究生创新科研课题，项目负责人：夏燕，2023级博士在读）

基于图深度学习模型的细胞通信网络研究（研究生创新科研课题，项目负责人：杨超，2023级博士在读）

基于多模态融合策略的活性肽识别算法研发（研究生创新科研课题，项目负责人：耿奥运，2023级硕士在读）

基于深度学习算法对空间转录组学和蛋白组学数据的整合分析（研究生创新科研课题，项目负责人：苏云云，2023级硕士在读）

课程教学

机器学习、深度学习、模式识别、Python语言程序设计基础

个人主页

http://www.bioai-lab.com/info/cuifeifei

针对研究生：

Ø 欢迎对人工智能及交叉学科感兴趣的同学与我联系，报考我的硕士、博士研究生。

Ø 优先考虑具有计算机、数学、统计等相关背景的同学，其他跨专业学生只要努力踏实也非常欢迎。

Ø 本人与多所国内外科研院校保持良好合作关系，优秀者可推荐前往深造/访学。

针对本科在读生：

Ø 欢迎希望本科阶段获得科研训练并取得科研成果的本科同学联系我作为学业导师；本课题组可以提供参与协助课题研究的机会，而且为每位学生提供独立的研究课题和单独指导，希望为努力的同学提供指引和帮助，争取发表第一作者的高水平科研成果；

Ø 但是如果只是想完成选学业导师的任务、自主努力性不高、单纯以本科文凭为目标的学生请不要联系我。

Ø 请联系我做学业导师的本科生同学认真思考是不是真的适合自己，请不要盲目选择，我课题组只适合对科研感兴趣、追求卓越发展的少数同学，否则就是浪费彼此的时间和精力。